亦称模式菌株。在给某细菌定名，分类作记载和发表时，为了使定名准确和作为分类概念的准则，以纯粹活菌（可繁殖）状态所保存的菌种。

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相当于动植物分类中的模式标本。在进行细菌等的分类和鉴定时，生理学和生物化学特性十分重要，但若就这些性质进行试验，就必须应用许多纯分离的新细胞。因此，作为分类标准的菌种，也有必要进行纯粹分离，并以活菌（可以分裂）状态保存。

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在标准菌种中，对于从作过原始记载的作者实际分离或应用的菌株，通过营养繁殖获得和保存的菌株，称为正标准菌株。此外，当原作者使用复数菌株，以后的研究者选择其中之一作为最适当的菌株时，称该菌种为选定标准菌株。当原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，记载后，确认可以作为国际上正标准菌株的代替菌株时，称该菌株为新模式菌株。

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保存菌种时，必须留心不使菌株在保存过程中死亡或发生变异。目前最常用的保存方法是冻结干燥法。模式菌株应由适当的菌种保存机构保存。