伯杰氏分类系统是世界上公认的原核生物分类系统 ，该系统1994年已出至第九版。

伯杰氏细菌学鉴定手册第九版将原核微生物分为35个群，将所有的原核微生物分为四大类 (或四个门)

第一类聽 具细胞壁的革蓝氏阴性真细菌

第二类聽 具细胞壁的革蓝氏阳性真细菌

第三类聽 无细胞壁的真细菌

第四类聽 古细菌

35个群如下：

第一群聽 螺旋体

第二群聽 好氧/微好氧、运动、螺旋/弧形革蓝氏阴性细菌

第三群聽 不运动(或很少运动)的革蓝氏阴性弯曲细菌

第四群聽 革蓝氏阴性、好氧/微好氧杆菌和球菌

第五群聽 兼性厌氧的革蓝氏阴性杆菌

第六群聽 革蓝氏阴性、厌氧、直的、弯曲的和螺旋形的细菌

第七群聽 异化硫酸盐或还原硫的细菌

第八群聽 厌氧、革蓝负反应的球菌

第九群聽 立克次氏体和衣原体

第十群聽 不产氧的光能营养细菌

第十一群聽 产氧的光能营养细菌

第十二群聽 好氧的、化能自养型细菌和相关生物

第十三群聽 出芽和/或有附着器的细菌

第十四群聽 带鞘细菌

第十五群聽 非光合、不产子实体的细菌

第十六群聽 产子实体的滑动细菌:粘细菌

第十七群聽 革蓝氏阳性球菌

第十八群聽 产内生芽胞的革蓝氏阳性杆菌和球菌

第十九群聽 规则的、无芽胞、革蓝氏阳性杆菌

第二十群聽 不规则的、无芽胞革蓝氏阳性杆菌

第二十一群聽 分枝杆菌

第二十二群聽 诺卡氏型放线菌

第二十三群聽 多腔孢囊放线菌

第二十四群聽 游动放线菌

第二十五群聽 链霉菌及相关属

第二十六群聽 马杜拉放线菌

第二十七群聽 高温单孢菌及相关属

第二十八群聽 高温放线菌

第二十九群聽 其它属

第三十群聽 枝原体(或柔膜菌纲):无细胞壁菌

第三十一群聽 产甲烷细菌

第三十二群聽 古生还原硫酸盐细菌

第三十三群聽 极端嗜盐、好氧的古细菌(盐细菌)

第三十四群聽 无细胞壁的古细菌

第三十五群聽 极端嗜热和超嗜热代谢元素硫的细菌

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