（1）梭菌属（Clostridium）
严格厌氧，发酵能产生有用的终产物：乙醇、丁醇、丙酮，第一次世界大战的爆发导致梭菌发酵走向实际应用。1916年，丙酮丁醇梭菌（Clostridium acetobutylicum)的发酵成为产生丙酮的主要途径，从100吨糖浆中能生产出12吨丙酮。
（2）乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、片球菌属(Pediococcus)、链球菌属(Streptococcus)
通常称为乳酸细菌。能发酵葡萄糖产乳酸，耐酸性好。其中一些菌株常用于生产奶酪和发酵乳制品，全世界年产量2000万吨，产值达500亿美元。
（3）芽孢杆菌属(Bacillus)
与梭菌不同，能在有氧时生长，是土壤的优势菌。许多芽孢杆菌能产生胞外水解酶，降解蛋白、核酸、多糖和脂类。其中有些酶已大批量生产用于商业：蛋白酶可用于洗涤剂；多糖水解酶可用于降解淀粉。
有些芽孢杆菌是昆虫致病菌，其中苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)已被大规模开发用作杀虫剂。
一些芽孢杆菌合成的抗生素在生产上已具有一定商业规模，如来自枯草芽孢杆菌(B.subtilis)的杆菌肽和来自多粘芽孢杆菌(B.polymysa)的多粘菌素。
（4）纤维单胞菌属(Cellulomonoas)
此属最显著特点为能降解纤维素。利用纤维单胞菌产生的纤维素降解酶可将富含纤维素的植物原料转变成酒精和蛋白质。
（5）棒状杆菌属(Corynebacterium)
本属中的一个种，即谷氨酸棒杆菌(C.glutamicum)是著名的味精生产菌，它能将原料中的大部分物质转换为谷氨酸，且将其分泌到培养基中。
（6）链霉菌属(Streptomyces)
链霉菌以分支菌丝生长，孢子繁殖，与真菌特征相似，却为原核生物。灰色链霉菌(S.griseus)能产生高效抗菌物质——链霉素。在其他链霉菌中还相继发现了多种抗生素，包括四环素、红霉素、新霉素和庆大霉素等。
（7）栖热菌属（Thermus）
此类微生物首次发现于温泉中，为真细菌中目前所知的最嗜热细菌，最适生长温度70℃~72℃。水生栖热菌（Thermus aquaticus）是热稳定DNA聚合酶（Taq聚合酶）的主要来源，此酶在PCR扩增基因时很有价值。Taq聚合酶基因已在大肠杆菌中得到克隆和表达，可以大规模生产。
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